مخزن سپتیک تانک اجازه نمی دهد فاضلاب بلافاصله وارد طبیعت شده و با فراهم آوردن محیطی مناسب برای باکتری های بی هوازی بدون ایجاد آلودگی در خاک و آب های زیر زمینی و سطحی امکان تصفیه اولیه و تبدیل آلاینده های موجود در فاضلاب خام به مواد ساده تر و تجزیه پذیرتر (مانند گاز متان و …) را فراهم می آورد.